A bélflóra jelentősége nem csupán az elfogyasztott ételek megemésztésében van, hanem fontos szerepet tölt be az immunvédekezésben, éberen tartja az immunrendszert (támogatja a fehérvérsejtek képződését és azok munkáját), megakadályozza a gombák túlszaporodását a szervezetünkben.
Emellett a szervezetünk optimális működése szempontjából fontos aminosavakat (fehérje alkotó részek), valamint vitaminokat állít elő (pl.: B12, biotin, K-vitaminok) és segíti az egyes ásványi anyagok (vas, magnézium, kalcium) felszívódását is. Központi szerepe van továbbá a szervezetünk méregtelenítésében is, mivel gátolja az egyes toxinok, környezeti mérgek felszívódását (ezért van az, hogy például ételmérgezés esetén heves hasmenést tapasztalunk).
