Autoimmun folyamatról beszélünk akkor, amikor a szervezet tévesen saját magát kezdi el megtámadni,mert betolakodóként ismeri fel, az immunrendszer defektusa miatt. Ilyen autoimmun betegségek például a pajzsmirigyet leggyakrabban érintő Hashimoto Thyreoiditis, vagy a cukoranyagcserét érintő 1-es típusú cukorbetegség, illetve az ízületeket érintő Rheumatoid Arthritis is.
Az autoimmun folyamatok hátterében a tudomány jelenlegi állása szerint egy ún. ,,áteresztő bél szindróma” áll [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22109896/], amelynek lényege, hogy ezen ,,lyukacskákon” keresztül emésztetlen ételmaradványok tudnak kijutni a véráramba, amik következtében az immunrendszer aktivizálódik és elkezd ellenanyagot termelni ellenük. Ennek oka, hogy ezen ellenanyagok segítségével ezeket a betolakodókat ki tudja paterolni a vérből, ahol semmi keresnivalójuk nincs. Hosszú távon a folyamatos ,,háborúban” össze tudja keverni ezeket a betolakofókat a saját sejtjeivel, így tévesen elkezdi önmagát is megtámadni. Ezt nevezzük autoimmun folyamatnak.
Ilyen fő ,,aligát okozó emésztetlen ételmaradvány (gabonafehérje) például a glutén (tartalmazzák a kenyérfélék, tésztafélék és egyes köretelemek, mint a bulgur vagy a gersli). A glutén szerkezete nagyon hasonlít a pajzsmirigy saját sejtjeire, így ha kijut a véráramba, akkor autoimmun pajzsmirigy gyulladást idézhet elő. (Hasonlóan tud viselkedni a tejfehérje, vagyis a kazein is.) Ezen folyamat leállítása érdekében érdemes a glutén tartalmú ételeket (búza, árpa, rozs és az ezekből készült lisztek, pékáruk és egyéb ételek) kiiktatni a táplálkozásunkból, így hosszú távon javulást tudunk elérni az állapotunkban és csökkenteni tudjuk a szervezetünkben zajló autoimmun folyamatok mértékét
.
Nem kell végleg lemondania a kenyérről vagy a tésztáról annak sem, aki nem fogyaszthat glutént, mert nagyon sok gluténmentes gabonából készült opció létezik ma már, mint például a hajdina, köles, quinoa, batáta és egyéb lisztekből készült termékek.